1863年8月18日，以幕府为中心的公武合体派发动政变，驱逐了京都的尊攘派公卿，逮捕了武市瑞山在内的诸多勤王党。两年后，幕府官员对瑞山判决如下："文久元年（1861）以来，乘天下形势私自结党，煽动人心。完全丧失臣下的身分，轻视上威，捣乱国宪……本应严惩，蒙上慈毋赐与切腹。"
瑞山听到被赐切腹，当场鞠躬表示感谢。早在宣判前，他写信给妻子提到，他自知必死，打算用三文字切腹，展示志士的意志，并让妻子给他带来崭新的内衣和白色肩衣。
切腹时正值黄昏，瑞山跪坐在院子里的草席上，脱去肩衣袒露胸腹，慢慢取了短刀，用奉书纸包裹刀刃倒持手中。监督官和两个介错听到发出一声裂开的声音，接着是两次，三次，瑞山完成了从没有人做到的三文字切腹，鲜血溅到了监督官的裙裤上。瑞山强忍剧痛将短刀放在膝盖上，低头俯下身，两个介错的刀从左右刺进他胁内，终于使他断了气。时年37岁。
