而东奥会结束后，菅义伟政府还将面临一个新的难题。日本已投入大量经费举办东奥会，由于海外选手到日本各地事前集训，各地方政府所花费的防疫经费等，都尚未列入东奥花费内，所以东奥究竟花了多少钱，不到拿出决算报告大概都不会清楚。日本第一生命经济研究所研究员熊野英生表示，待东奥等整个活动结束后，仍将遗留许多严肃课题，例如兴建主场馆等建设费、延后一年的追加费用等，将形成庞大的赤字，东京都、日本政府必须面对预算面的残酷现实。
报道称，日本《朝日新闻》进行的这次民调结果，与东京奥运会开幕前的7月民调相比，菅义伟内阁支持率从31%跌到28%、不支持率从49%上升到53%。谈到东京奥会运举办，有56%受访者认为“很好”，另有32%受访者认为“不好”。《朝日新闻》分析称，受访者之所以对菅义伟持严厉态度，主要原因是对防疫对策的评价低落，只有23%给予菅义伟防疫对策的正面评价；而在无法给予正面评价的受访者中，高达70%表示不支持。
另外，日本的疫苗接种工作进展缓慢，也损害了菅义伟的声望。德尔塔变异毒株的迅速传播导致新的感染病例激增，日本累计感染病例日前已经超过100万大关。野村综合研究所高级经济学家木内登英日前认为，一旦东奥期间疫情扩散，无法举办一场安心且安全的大会，疫苗接种缓慢，都可能出现国际评价下滑的负面后续效益。如果追究在这种严峻情况下举办东京奥运会的责任，可能会成为政府下台的原因之一。
