首先，拜上帝教注定无法转化功能，太平天国在宗教道路上越走越远，最终站到知识分子之对立面，成为大伙攻击之对象。作为拜上帝教实际创始人，南王冯云山是个理性主义者，对宗教这一套不感兴趣；宗教可以用于发动起义，聚集人心，但绝对不是取胜之道。所以，冯云山在发展拜上帝教期间，不断将其与传统儒家思想相结合，有意淡化宗教因素，增添华夏色彩。例如，冯云山就不主张毁灭寺庙、道观、孔庙、书馆，而是想尽办法与知识分子联合起来，并争取他们支持。要知道，冯云山在传教期间，可是和紫荆山区的知识分子、士绅阶层打成一片，很少有人排挤拜上帝教。但是，冯云山传教成功后，洪秀全突然从广东花县"驾到"，以教主之命令强迫冯云山去捣毁象州甘王庙、捣毁紫荆山区道观。如此，拜上帝教才一步步成为知识分子之死敌。
冯云山比较理性，也比较务实，宗教可用于起义，却不能用于建国；运动发展都一定程度之后，拜上帝教之功能必须转变，必须融入儒家，如此才能成功。天王洪秀全？绝对的宗教主义者，不可能转变得了，这一点在李秀成《自述书》中可以看出。东王杨秀清呢？此人也是理性主义者，也不信拜上帝教，还曾阻止洪秀全毁灭典籍。但是，杨秀清权力欲望太强，他需要"天父传言"之身份来维持手中权力。如此，杨秀清不可能将拜上帝教功能转型，就算他知道其中之弊端众多。冯云山呢？组织与宣传高手，拜上帝教功能之转化重任，非他莫属了。正如史学家罗尔纲先生所言："对政治、军事、典章制度，以至天文、历法无不精通。他尤善于观察当前形势，进行了解和研究，随机应变，从而把那些死的知识变为活的东西，来给革命服务。群众对他的惊人功绩，叹为：如此奇才，向非天生，何以至此。"
