这一提议遭到贝克特的反对，而且一些教会人员也不同意，亨利二世生气离开了。他之后让贝克特归还他当大法官期间的城堡，并把自己儿子从贝克特管教下带走。从此两个好友真正反目成仇。
1164年1月，亨利二世对王室进行了改革，并起草颁布书面法律《克拉伦登宪法》，此法律把教会与国王权力进行界限。而且包括了要把犯罪的教士移交给世俗当局的条款。贝克特得到一份宪法抄本。他被亨利二世逼着承认宪法，使教会处于一种屈从王权的状态之下。
虽然亨利二世战胜了贝克特，但他准备对亨利二世进行穷追猛打，1164年，他召开一次权贵会议。会上有人就指控贝克特贪污。在这种情况下，贝克特只得离开去了法兰西，让他们试试再说。
贝克特回到英国后，开始联系一英国大主教，诋毁亨利二世，但两人于1170年见面，但不久就出现矛盾。因为这一年圣诞节，亨利二世决定对宗教进行改革。
