两袖清风的故事就是出自他，太监王振掌控朝局的时候，为官的大臣都想着怎么贿赂讨好王振。但是于谦不会，别人劝的时候他就挥了挥袖子说带两袖清风去。王振对他不满，就让人诬陷他因为长期不晋升就心生不满。将于谦判处死刑，百姓知道以后就联名上书，不得已王振就只能将于谦放了。
正统十四年（1449年）七月，蒙古族进犯，王振怂恿明英宗亲征，明英宗不听于谦等人的劝告执意前往，结果被俘。这个时候还有人说星象有变化，应该要迁都去南京。于谦听了把那个人大骂一顿，提倡南迁的人都应该斩首。
郕王朱祁钰在这个时候被佣立成为皇帝，被抓的明英宗就成为了太上皇。就这样过了一年之后，蒙古人一看明英宗已经没有用了，就说愿意放明英宗回去。从王爷当上皇帝的景泰帝不愿意了，当初可是你们让我当这个皇帝。于谦就劝他说如今天下的事已经安定了，如果明英宗回来要当皇帝，那我就有话要说了。
于是被关了一年的太上皇回来了，景泰帝这个时候干了件事。他把明英宗关了起来，过了没多久之后又想把原本的皇太子废了，立自己的儿子为皇帝。不幸的是他儿子夭折，没多久景泰帝病倒。徐有贞就带着一众大臣打开南宫，迎回明英宗。
