咸丰死后同治即位，然而同治皇帝英年早逝，且没有留下一儿半女。皇位继承人，只能从宗室子弟中挑选。而此时，奕譞有一子名为载湉，年仅4岁，是慈禧的亲妹妹所生。对慈禧而言，载湉不仅是宗室子弟，不仅年幼易于掌控，又是她的亲外甥，让他即位再合适不过。于是年幼的载湉被立为皇帝，是为光绪帝。
不过，自光绪帝登基后，慈禧反而逐渐开始冷落奕譞。原因很简单，奕譞毕竟是光绪的亲生父亲，哪个父亲愿意自己的儿子当傀儡？如果继续重用奕譞，难保他不会替儿子夺权。
但慈禧也没有彻底闲置奕譞，他只被免去军机大臣的职务，转而调任海军筹办事项负责人。奕譞为清末海军发展做出了一定贡献，但却远不如恭亲王、李鸿章等人功勋卓著。
奕譞的一生，没有太多辉煌事迹可载，1890年，正过着稳定安逸生活的他突发疾病，光绪亲自前往醇亲王府探病。不过，奕譞的病情并没有因儿子的关系有所好转，不久之后，便撒手人寰，享年51岁。
