有了这充分的准备，李孝恭率领，12路水陆大军，直扑襄樊等长江中游地区。攻破荆门之后，文士弘领兵数万来援，李靖建议避其兵锋。可是李孝恭，被胜利冲昏了头脑，结果被文士弘打得大败，幸好李靖及时支援，唐军反败为胜。连连战败的萧铣，决定归降保民，并对李孝恭说："该死的只有我萧铣，百姓们是无罪的，请不要纵兵杀戮"！李孝恭没有为难萧铣，将其送去了长安，由朝廷发落。
李孝恭的仁慈之举，不仅令长安方面非常满意，而且迅速收获了襄樊等地的民心。岭南四十九州，纷纷献表归降。此后，江南的辅公祏，起兵反唐，李孝恭率领李靖、李勣进行征讨。在出征之前，将士们杯中之酒，忽然变为血色，诸将以为不详。李孝恭镇定自若，说道："我从没做过恶行，诸位不必为我担忧。辅公祏恶贯满盈，今日朝廷征之，杯中之血酒，就是辅公祏授首的先兆"。于是军心得安，士气大振，江南之地平定。
平川蜀，定江南，安岭南，占荆襄，李孝恭一时间，雄踞半壁江山。李氏宗族子弟，除了李世民外，无一人军功可与李孝恭相提并论。这自然引起了上至李渊，下至百官的忌惮。很快就有人诬告李孝恭谋反，但是查无实据，李孝恭被免为宗正，之后出任凉州都督。李世民在玄武门政变后，更是改封李孝恭担任礼部尚书，接着消减实权，地位上则加封河间郡王。
