孝庄文皇后去世后，因康熙不舍祖母离去，灵柩一直停放在慈宁宫，即使不得不将孝庄安奉在帝陵后，康熙还是命人拆掉了孝庄生前居住的寝殿，将其按照原样移建到了孝庄陵墓旁。
为了能时常悼念祖母，康熙后又修建了宁寿宫供孝惠章皇后居住，将慈宁宫空了出来，自此慈宁宫成了康熙乃至后代皇帝拜祭孝庄的地方，这个不成文的规定一直延续到清朝灭亡，再没有哪个后宫女子能够入住慈宁宫。
不过慈宁宫的繁荣也仅限于清朝中期之前，自道光年间，清朝开始走下坡路，国祚衰弱，国库日渐空虚，当时掌管后宫的孝和睿皇后无奈下令宫中要节俭开支，活人都已经自顾不暇，也没闲工夫大肆祭拜祖先了，慈宁宫的辉煌终走向了落寞。
