万历年间，明神宗朱翊钧的生母李太后就在慈宁宫居住。泰昌元年，也就是明光宗朱常洛继位后，其父明神宗的郑皇贵妃、昭妃等这些遗孀妃子都搬到了慈宁宫居住。在天启七年，明熹宗死后，他的皇贵妃等妃子也搬到了慈宁宫来住。
到了清朝顺治年间，顺治帝的生母孝庄文皇后搬到了慈宁宫居住，这里就成了皇太后的居所。
康熙登基之后，康熙的嫡母孝惠章皇后也搬到了慈宁宫，与已经成为太皇太后的孝庄文皇后一起居住，从此之后，慈宁宫变成了太皇太后与皇太后的居所，太妃等一诸人随居在慈宁宫偏殿。
有孝庄文皇后的存在，尤其是康熙这个孙子格外孝顺，经常在慈宁宫为太后、太皇太后举办寿宴，慈宁宫可谓是兴盛一时，不仅是先皇遗孀们的暖巢，也是后宫大事的操办之所，更是各路势力争相巴结的存在。
