李神通一路败退到黎阳，投奔李勣。也许是李神通的霉运感染了李勣，害得这位名将也被窦建德俘虏。同时被俘的还有魏征和李渊的妹妹同安公主。幸好窦德德比较仁义，这些未来的战神和名相都没有受到虐待。
等到窦建德兵败，李神通等人才回到李唐阵营。李渊没有亏待他，让他继续管理山东。不过，山东这地方似乎对李神通不太友好，窦建德的旧部刘黑闼又起兵造反。李神通调集大军前往镇压，再遭大败，人马和粮食损失了三分之二。
接下来，李神通开始跟着李世民，给侄子打个下手，总算捞了点战功。在此期间，李神通发挥自己的强项，与李世民关系处得很好，为自己的前途打下了良好基础。
