当然，明初设置的锦衣卫对罪犯的处罚也极其残酷，并且锦衣卫只对皇帝负责，权力很大，大量冤假错案也从中产生，胡惟庸、蓝玉等大案也同样有锦衣卫的影子。锦衣卫的用刑之法没有明文规定，手段残忍无情，从明初到明末，影响深远。
"刑法有创之自明，不衷古制者，廷杖、东西厂、锦衣卫、镇抚司狱是已。是数者，杀人至惨，而不丽于法。踵而行之，至末造而极。举朝野命，一听之武夫、宦竖之手，良可叹也。"
另外，谋反谋逆的重罪，大多会牵连家人亲属，甚至更多，不同于《唐律》，《大明律》的牵连范围更加广泛，连坐制度令人胆寒。空印案、郭桓案牵连被杀的超过七、万人，这便是这锦衣卫和连坐制度的体现。在刘伯温死前，也曾告诫儿子：
"当今之务在修德省刑，祈天永命。"
