因为自己看不惯（毛文龙确实在做事方式上有诸多不对），就先斩后奏，擅自诛杀了辽东悍将毛文龙，这件事让特别其中袁崇焕的孙承宗都大为震怒，后世的评价是：杀毛文龙"适所以自杀也"。而袁崇焕本人在事后也后悔不迭。目中无君的行为，一着不慎满盘皆输。
第三、崇祯帝失去了胜利的希望
"己巳之变"后，后金不对已经包围了北京，崇祯皇帝对收复辽东已经失去了希望，此时的袁崇焕对他来说已经没有任何价值了。再加上袁崇焕本身耿直的性情，让这位心灰意冷的皇帝实在尴尬。而在这个时候，皇太极使用了反间计。
第四、崇祯真的相信反间计吗？
袁崇焕于崇祯二年十二月下狱，崇祯三年八月处死，历来范增、韩遂等中反间计都是因为上司或者伙伴在失败的情况下头脑发热，而袁崇焕在狱中关押八个月之久，如果崇祯真的相信袁崇焕外通过贼，早就把他处死了，再说，八个月的时间，再笨的人也会渐渐弄清事实了。
