如吴军兵锋直逼京师，清王朝必然抽调全国军队奔赴华北勤王，如此，且不论战役成败，清王朝对地方的控制必然减弱，此时的一个县令也能揭竿而起，响应吴军。吴军的逗留不进让清军在长江以北站稳脚跟，使得江北士大夫群体对吴军的意图和作战能力感到担忧，不能奋力一搏。而清朝大军屯驻江北，一可制衡吴军，二也能震慑控制区域内的不臣之人。清王朝就此拥有了战略空间，得以从容应对。吴军失去了闪电战击败清军，造成其内乱的时机。吴三桂的军师也曾书信前线，请求火速进兵，而吴三桂置若罔闻。
其二，政治上不够坚决。吴三桂起初以反清复明为口号，不管是否合适，既已打出了旗号，就应该坚持到底，不然思想上的混乱会造成政治上的崩盘。吴三桂迟迟不立明朝王室，最后竟自己称帝，如此首鼠两端，在争取天下士子之心时，再输一招。
其三，吴军内部的掣肘。三藩之乱，虽然号为三藩，实际主力仅有吴军一家，其他两藩早早就被清王朝以一道只诛首恶，从者不究的政策给顺利收编了。吴三桂的很多老部下也是如此被清王朝策反了，如西北的王辅臣，举义两年后，被清王朝军事讨伐和政治诱降并用，最终投降了事，西北地区作为第二战场的美梦成为黄粱。吴三桂起兵时，名义上能指挥的军队有40万人，但是把那些顺风浪逆风投的投机分子去掉，其所能指挥的，能够令行禁止的直属部队，只有其本部人马10多万人。这些军队在占据了湖南、云贵川后，还要留有殿后，能用于前线的已经不多。
其四，粮饷制约。吴军势力最大时，没有打下武昌，更没有顺长江之下夺占江南省，数十万大军全靠后方的云贵川提供后勤保障。云贵川本来经济就不是很发达，因此数十万大军长时间曝师于外，粮饷消耗是个天文数字，对吴三桂势力发展有很大的制约。如果吴三桂能以初起兵时的锋芒，席卷长江中下游平原，遮蔽清王朝伸向江东的势力，则一者可以断绝耿尚的投敌之念，二者能够集中江南财力，招兵买马，即便不渡江北上，恢复中原，划江而治也有七分把握，而不至于困守一隅，坐以待毙。
其五，统战工作不到位。吴三桂起兵时，虽然也发布了檄文，但是满清朝廷除了察哈尔的蒙古人临时起意，打了康熙一个措手不及，其他清王朝的敌人都没有看到有多大动静，台湾郑氏集团没有配合出兵。至于汉民族的传统士大夫并不认可吴的政权，吴周政权只能作为吴三桂激励士气所进行的赌博，失掉了人心民望。
吴三桂有此五失，困守西隅，虽有缚龙之手，却无空间以施展。虽有雄兵十数万，却无大开大合之格局以谋全国。至于他的子孙后代，则更是有一代不如一代了。正因以上几个原因，三藩之乱的失败就是一个必然。
