唐太宗虽然器重萧瑀，但忍受不了他的耿直
萧瑀在担任宰相的同时，也在秦王李世民的军中效力，曾参加过征讨王世充的战事，一度还署理过天策府司马的职务。由于李世民在朝中还担任着尚书令职务，所以无论在军中还是朝中，萧瑀都是李世民的属官，这种特殊的关系，也造就了萧瑀跟李世民之间的紧密关系。所以等到李世民通过政变上台后，便依然让萧瑀担任宰相职务。
然而李世民毕竟不同于李渊，尽管赏识、器重萧瑀，但却难以容忍他严厉刻板、言辞切直的性格，每每对他违忤圣意、逆触龙鳞的行为大为不满。唐太宗虽然号称虚怀若谷，但似乎只肯容纳一个以直言敢谏著称的魏征，但对其他同类型的朝臣却不肯再忍受。正因如此，萧瑀因为过于切直，在整个贞观朝屡起屡落，曾经六度被罢免相位，也算是宰相集团中的一个"奇葩"。
瑀谕议明辩，然不能容人短，意或偏驳不通，而向法深，房玄龄、魏征、温彦博颇裁正之，其言多黜，瑀亦不平。引文同上。
