案情审清了，照理说，应当还当事人以清白，追究地方官错判的责任。但事情闹到了这一步，此案已经不是一个简单的法律事件了。因为当时太平军刚刚被平定，地方势力做大。比如，浙江巡抚杨昌濬，就是追随左宗棠、曾国藩等创办湘军团练出身。动了他，对湘军是势力是一个不小的打击。正是有这层利害关系，四川总督沈葆桢等人力主不翻案。也正是出于打击湘军集团的考虑，翁同龢等人才主张推翻原判。至于杨、毕二人是否冤屈，又哪里在他们考虑的范围内呢？
最终，刘锡彤发配黑龙江，杨昌浚等大员被革职查办。第二年，杨昌浚又被左宗棠保奏，先后官至漕运总督，闽浙总督。
两位无辜的当事人呢？毕秀姑被杖责八十，在尼庵里度过了余生。杨乃武被革除举人功名，永不恢复。已是一身伤残的杨乃武自问："我这冤案是昭雪了么?大清真有青天么?"
