文物贩子们得到后如获至宝，但令他们失望的是，数千麻袋的纸张全都没什么价值，气急败坏的他们肆无忌惮的损毁、破坏.....还好当时的农务学堂监督罗振玉深知这些物品的贵重，自掏腰包，花了3倍价格将幸存的档案全买了回来，后来罗振玉生活难以为继，就把这些档案以1.6万银元的价格转手给李盛泽，李盛泽影响力巨大，这些东西也得到了很好的保护。
蒋介石也明白史籍的重要性，所以在战败后还顺手掳走这些资料，将它们安放在台北故宫博物馆，如今现存的共有200余万件，可以说是极为丰富了，而现在想要研究明清历史，全世界的学者都得前往台北，因为只有这里才有最为详实的资料。
相比之下，同为国宝的敦煌遗书，命运就坎坷了许多，但也多亏了当时的诸多有识之士，否则这些档案的下场，恐怕也只能是化为灰烬吧。
