胡宗宪先是派人去徽州将王直的母亲、妻子、儿子捉住,关进金华监狱,想以此要挟王直投降,但王直不为所动。胡又改变策略,将王直的亲属放出来,为他们提供锦衣玉食和舒适的住宅,想感化王直来降。接着他派蒋洲、陈可愿两人为正、副使,去日本招抚王直,暗中交代,此行务必诱出王直,只要王直肯离开他的大本营,就算头功一件。二人领计而行。
嘉靖三十四年(1555年),蒋洲、陈可愿来到日本的王岛,拜觅王直。会谈中,蒋洲不断对其威胁利诱,王直默默无语。有人给他出主意,让亲信陪陈可愿先回宁波试探虚实,暂留蒋洲在岛上做人质。王直接受了这个建议,派叶宗满、王汝贤等人陪陈可愿回宁波,向胡宗宪表示,王直归顺以后别无所望,惟愿进贡通市而已。王直自以为得计,不料久居官场的胡宗宪已描摹出他的心思是在探问虚实,便满口答应通市的请求。为了更顺利地引诱王直归来,朝宗宪还重用王汝贤等人,以示宽厚、亲善,并到处散布说王直并非反贼。
得知胡宗宪的态度后,王直大喜过望,放下心来,于是在嘉靖三十六年(1557年)率庞大船队和数千部众从日本渡海东来,驻扎在舟山岑港,并为与外商互市作了大量准备。胡宗宪得知王直已上钩,便密调戚继光、张四维等明将率军在岑港四周埋伏,将王直的船队团团包围。然后派人对王直逼降。王直知四周已被重兵包围,孤立无援,脱身无计,只得离开船队去见胡宗宪。胡宗宪当即翻脸不认人,扣押了王直。
王直被诱捕后,其部众仍坚守岑港,不肯投降。嘉靖三十七年(1558年),胡宗宪命明军大举进攻岑港,经过数次激战,终于彻底消灭了王直海商集团。嘉靖三十八年冬(1560年初)王直在州被斩首示众。