但是，东林党并没有死心，他们利用"梃击案"、"红丸案"、"移宫案"在万历死后把持了朝政，并通过泰昌皇帝取消了工商税。这样又重蹈覆盖辙，造成东南极富，西北极穷。然而东南的富没给财政带来一点收入，朝廷的税收还是压在了农民身上，北方农民税收负担日益沉重，赶上灾荒年吃不上、穿不上的现象时有发生。
天启年间出现的魏忠贤，对一哭二闹三上吊的东林党还是有一套办法的，在税收上的举措让百姓得到了实惠，而让工商士绅利益受到了损失。国库充盈了，确实收了他们不少钱。因此东林党对魏忠贤怀恨在心。
天启皇帝一死，16岁的崇祯听东林党的话，受到东林党蛊惑，上位不到三个月就扳倒魏忠贤，彻底清算了阉党。而崇祯不明白的是太监也是皇权的一种存在，清除阉党等于自断一臂，使皇权失去了平衡，从此导致东林党一家独大。
