永乐二十一年，他的护卫企图作乱事败，事后朱棣责问朱高燧，他吓得说不出话来。还好朱高炽替他求情，称这都是下人的主意，朱高燧肯定不知情，朱棣这才作罢。不过从此以后，朱高燧再不敢有异心。
朱高炽即位后，对两位弟弟恩宠有加，还给朱高燧加了岁禄二万石。此时的朱高燧已经收敛，便主动放弃了常山左右二护卫。而朱高煦谋反之前，确实有意让朱高燧加入，但是朱高燧最终选择放弃。
所以杨士奇才说："有罪者不可赦，其无罪者宜厚待之，疑则防之，使无虞而已。"就是说朱高燧既然没罪，就应该受到善待，如果对他有疑心的话，只需多加防范就是了。
明宣宗自然也认为杨士奇有理，所以他才会说："先帝友爱二叔甚。汉王自绝于天，朕不敢赦。赵王反形未著，朕不忍负先帝也。"
