杨士奇于建文朝入仕，曾奉命修撰《明太祖实录》。朱棣登基后，也十分重用他，并且让他负责教导太子朱高炽。杨士奇深深被朱高炽的仁善打动，认为他的确是最佳的皇位继承人，所以他是坚决拥护朱高炽的。
永乐六年，朱高煦联合三弟朱高燧，一同离间朱棣和太子的感情。后来朱棣渐渐动摇，便召来杨士奇等大臣，询问他们太子的情况。杨士奇称太子监国期间表现很好，而且对长辈充满孝敬之心，他还说："殿下天资高，即有过必知，知必改，存心爱人，决不负陛下托。"朱棣听后很满意。
后来朱高煦又和朱高燧几次联手，打算诬陷朱高炽，都是因为杨士奇的进言，让朱棣消除了疑虑，甚至开始怀疑朱高煦、朱高燧的用意。
永乐十四年，朱棣听闻朱高煦有夺嫡之心，随即询问大臣是否属实。别的大臣都不敢说实话，唯有杨士奇说："臣与义俱侍东宫，外人无敢为臣两人言汉王事者。然汉王两遣就籓，皆不肯行。今知陛下将徙都，辄请留守南京。惟陛下熟察其意。"
