1921年1月，恩琴率领他的亚洲骑兵师打到外蒙古首府库伦城下后，借口天象不佳，按兵不动。实际上，恩琴是想先控制外蒙古活佛哲布尊丹巴。，恩琴派人潜入哲布尊丹巴的住所将其劫持，然后鼓动周围的蒙古牧民与亚洲骑兵一同解放库伦。
经过激战，恩琴的部队攻破库伦。之后恩琴将哲布尊丹巴推上大汗宝座，宣布外蒙古即日起恢复自治。恩琴自封为亲王，成为整个蒙古军队的开国大巴图鲁司令。不久，恩琴率部从库伦南下，扬言要越过长城打进北京。
针对外蒙古的事态，中国北洋政府任命张作霖为蒙疆经略使，但张作霖意在关内争夺地盘，无意到外蒙古与恩琴作战。恩琴则一方面向中国北洋政府和张作霖发出所谓"恢复外蒙古自治"的公告，一方面秘密致信张作霖，表示愿意将外蒙古交给他，但有两个条件：一是在外蒙古保留哲布尊丹巴活佛的地位，二是共同在中国恢复大清帝制。
在同北洋政府虚与委蛇之际，恩琴在外蒙古大肆推行暴政，而且压根不把哲布尊丹巴放在眼里。一次，哲布尊丹巴请求恩琴给他更多世俗权力，恩琴却放肆地打了哲布尊丹巴的脑袋。气愤的哲布尊丹巴秘派使者拿着求救信前往日本、北京甚至西藏达赖喇嘛处求援。不料，其中一封求救信落在亲苏俄的蒙古人民革命党手里，于是该党两大领袖乔巴山和苏赫巴托尔把这封信亲自送到莫斯科，交到列宁手中。
