石达开作为太平天国最年轻的将领，却是最得军心。他纠集十万大军返回天京，要求天王将韦昌辉和秦日纲二人斩首，方可解其心头之恨。天王无奈，只得将二人斩首，并将其头颅送给石达开。至此，天京内讧结束，前前后后，杨秀清、韦昌辉、秦日纲三王被杀，而被斩杀之太平天国士兵也有万余人。天京内讧导致太平天国出现无人可用，元气大伤，人心开始涣散，军事形势也出现了逆转，清军陆续战胜了各种战事，太平天国的控制范围也越来越缩小，即使后来太平军攻下江浙一带，它的形式也是一直处于下风。韦昌辉去世后，翼王石达开开始执政，而天王洪秀全开始重用其他兄弟来牵制石达开，激发石达开在1857年时带领军队出走，更加令太平天国雪山加霜。
石达开出走后，洪秀全也意识到事情严重，立刻邀请身在江西九江的石达开返回天京。但是，此时的石达开已经是心情坚定，没有再回到天京。1859年8月，石达开与清军在湖南宝庆激战，由于后勤补给不足，败给湘军，并且败退广西。在这次失败后，石达开开始意志消沉，甚至想隐退山林，其部下也军心涣散。最终，朱衣点等将军带着20万大军离开，重回天京。石达开也在一次战斗中为保全部下性命向清军投降，最后被凌迟处死。
1864年6月1日，洪秀全病逝，幼天王洪天贵福继位。7月天京失守，李秀成带领幼天王突围，混乱中失散，于同月22日在江宁方山被俘，亲书供状数万字后，于8月7日被曾国藩杀害。10月幼天王洪天贵福在江西石城荒山山洞被搜俘，11月18日在南昌被凌迟处死。 长江以南的太平军余部谭体元部队在1866年初于广东梅县被肃清，江北的太平军赖文光部投入捻军，于1865年杀清军名将僧格林沁，继续对抗清军直至1868年。 东捻军于1868年1月5日在扬州东北瓦窑铺覆灭，西捻军于同年8月16日在山东茌平徒骇河被李鸿章消灭。 最后一支使用太平天国年号的残余捻军袁大魁部于1869年在陕北保安被左宗棠消灭。太平天国彻底灭亡。
