此时，运动初期的南王冯云山和西王萧朝贵均已战死。秦日纲被封燕王后，因西征失利而被杨秀清削去王位，自然对杨秀清怀恨在心。天京内讧一触即发，不过其规模却脱离了洪秀全的控制。原来，秦日纲和韦昌辉二人最先返回天京，答应洪秀全只杀杨秀清一人。但1856年9月1日午夜，北王韦昌辉和秦日纲二人带领精锐部下杀入东王府，杨秀清随即被斩杀。但二人已经杀红眼，竟将事变演变成见人就杀，不分男女老幼。东王杨秀清的首级被割下，悬挂于树干之上。
事变发生后，杀戮并未停止。在如何处理杨秀清的6000余名余党问题上，经过密商，天王等人决定斩草除根，不留后患。于是，三人随后上演了一场苦肉计：天王指责韦昌辉和秦日纲杀人太多，必须处以杖刑，令杨秀清部下前来观看。东王余党误以为真，纷纷前来，不料却成了瓮中之鳖，任人宰割。翼王石达开返回天京后，指责韦昌辉等人杀人太多，被韦昌辉污蔑为杨秀清余党。石达开在好友的规劝下连夜出城逃走，当晚，韦昌辉和秦日纲保卫翼王府，将其妻子和随从全部斩杀。战功赫赫之翼王，竟落得如此下场。
