成化三年，日本进入战国时期，足利幕府的控制力急剧下滑。日本国内几个有势力的大名为了争夺与明朝贸易的勘合大打出手，胜利的自然取代了足利幕府，与明朝展开正规贸易。失败的大名则组织武士、浪人到中国沿海进行海盗活动。到了嘉靖中叶，中日勘合贸易彻底中断，日本国内的海盗行动就愈发猖獗。而日本政府则从打击倭寇转变为支持倭寇。
为何嘉靖时期是整个明朝历史上倭寇最多的时期呢？主要有三个原因。首先，日本政府的支持。严格来讲，当时的日本并没有统一的政府，而是大名们各自为政。这些人彼此征伐，都希望能消灭对方，统一日本。但消灭对方的前提是壮大自己，而他们当时能想到快速壮大实力的办法就是到中国抢劫。所以那段时期，日本倭寇身后基本都有大名的身形。
其次，嘉靖朝的海禁政策。嘉靖初年，明朝政府以宁波"争贡事件"为借口，下令严禁造违反规定的大船，属于违禁的海船一律销毁。沿海军民，凡私下与日本进行贸易者，邻居不举报就要连坐。但令嘉靖没有想到的是，他禁的越严，倭寇的反扑就越厉害。"片板不许下海，艨艟巨舰反蔽江而来；寸货不许入番，子女玉帛恒满载而去。"私人海外贸易更加繁盛。而且倭寇与中国一些沿海商人和官员互相勾结，就更加难以禁止了。
