条约内容传回国内，引发强烈反对，总理衙门认为这样一来，收回不收回伊犁没有什么不同，"或尚不如不收之为愈"。李鸿章持则支持条约的态度，称完颜崇厚是奉旨而行，况且允许他"便宜行事"，有签订条约的权利，如果给了他这个权利现在又不同意，"其曲在我"。李鸿章认为："崇厚所定俄约，行之虽有后患，若不允行后患更亟"。他主张"只能随宜设法，徐图补救"。为说服总理衙门他说目前"军心不固，外强中干，设与俄议决裂，深为可虑"。
左宗棠与李鸿章历来主见不同，他主张海防、塞防同等重要，不同意向沙俄屈服，提出终止与沙俄谈判，避免决裂，巧妙周旋，必要时可刀枪相见，"坚忍而求胜"。左宗棠的态度强硬，最终得到清廷认可，决定不批准《里瓦机亚条约》，下令把完颜崇厚治罪，判处死刑，等到秋后问斩。
1880年1月4日，清廷把崇厚"交部严加议处"后第二天，沙俄派凯阳德到总理衙门示威，称此举破坏两国友谊，随后沙俄调集军队，对清廷施压。眼看大战一触即发，英、法担心中俄发生战争会影响它们对华贸易，担心沙俄获胜会获取更大对华利益，因此两国公使要求清廷赦免完颜崇厚，以缓和局势。
德、美、意、奥也纷纷向总理衙门提出同样要求，英国维多利亚女王也被惊动，直接给慈禧太后发电报，要求赦免完颜崇厚。 1880年2月，清廷作出对完颜崇厚暂免斩罪的决定，并派驻英公使曾纪泽兼任驻俄公使，与沙俄重新谈判。
