到了崇祯十三年，瘟疫果向东面传播，一度感染了邢台顺德府、大名府等。事发一年余，大名府临来春季，但是春天却不下雨，蝗虫早把麦苗稻苗吃光，随着鼠疫肆虐，十人有六人病死，且被当地人定为大凶之年。明朝知名大臣左懋第在上奏时悲伤写着："臣从静海至临清，目睹百姓饥死者三，疫死者三，为盗者四，粮石银二十四两，人死取以食，惟圣明垂念"，可见当时的鼠疫带来的伤亡有多悲惨。也就是这一年，鼠疫正式传到京城，连崇祯皇帝也无可奈何，被吓得不轻。有史记载："夏秋大疫，人偶生一赘肉隆起，数刻立死，谓之疙瘩瘟，京城人患此者十四五，至春季屡有呕血者，或全家数人齐死"。
崇祯十六年（公元1643年），鼠疫病毒开始发生变异，导致染病者死亡率急速上升，最终衍变成100?肺鼠疫。事后，明朝晚期的历史学者夏燮在编写的《明通鉴》记录道："京师大疫，死者无算"据说这次鼠疫导致每天死亡的人口高达万余人，等于是每天就死10000人，一直到李自成率领农民军杀到京城后，才发现此时的明朝京都早已跟死人城无疑，处处都是万人空巷，人丁凋零。
