由于明朝发展到中晚阶段，随着人口的增加原本的田地已经不够分配，于是很多人为了养家糊口选择迁居到北方的大草原中开拓新田地。那么北方人跟南方人的交流就开始频繁，老鼠就变成外来物种入侵了这些地方，后来鼠患越来越严重，直到引发鼠疫。
公元1580年，即是万历八年，此时山西大同发生鼠疫，导致90?口染病，基本每十户人家就有九户得病，而且病情迅速传播，无有效办法阻拦，凡是一人被传染回到家均传给家里人。根据潞安府的记载："是岁大疫，肿项善染，病人不敢问，死人不敢吊"。
之后，明朝的山西太原多个城县均被感染，随着灾情不断蔓延，直到崇祯七年，山西一带包括吕梁兴县等，所有老百姓为了躲开鼠疫，而四处逃荒，使得当地人走城空，处处都是一片荒凉。而鼠疫杆菌跟着逃荒的人群四处传播，有的还跨国黄河传到了陕西一带使得疫情更加的严峻。到了崇祯九年，公元1636年，陕西官员上奏当地发生大鼠疫，疫情很快染遍多个城镇，使得各城各县民不聊生，且十分恐慌。有观察者发生，鼠疫有向东扩散的意向，且对邢台威胁甚大。
