建文帝削藩
先后几个藩王倒了（周、齐、湘、代、岷王），燕王朱棣不甘任人宰割，在建文元年（1399年）六月正式起兵，援引《皇明祖训》："朝无正臣，内有奸逆，必举兵诛讨，以清君侧。"打着清君侧的名义，对中央政府发起了挑战。其实祖训中还说，皇帝要先召唤藩王，藩王才能起兵，且成功铲除奸臣后要五日之内离京。所以这不过是朱棣想要夺取皇位的一个借口而已。在短短三年的靖难之役中，朱棣多次身陷险境，又转危为安，直到最后放手一搏，终于翻盘。朱允炆的一道"毋使朕有杀叔父名"旨意，成为了朱棣最好的保命符。南军将士们惧怕战后反攻倒算，既不敢伤害朱棣，又难以活捉，只得放任自由。朱棣在前期战斗中往往亲自冲锋陷阵，历史记载双方战斗十分惨烈，双方混战之时，飞矢如雨。朱棣仅在白沟河一战中，就先后换了三匹马，射光了三筒箭，宝剑也砍断了。
藁城一战，朱棣亲自率领精锐破阵，这场战斗中大量燕军被南军的火枪和弓弩所伤，就连朱棣的帅旗都被射得像刺猬一样；但是，由于朱允炆的禁杀之旨，朱棣本人反而没事。与此类似，在东平之战中，朱棣战败，手下的大将张玉战死。自己也深陷包围之中，朱棣恃此特权（不得伤害朱棣），单骑殿后，南军无可奈何。南军好几次失去斩杀朱棣的机会，朱棣也一次次死灰复燃，与南军纠缠许久。但由于手下兵力、地盘有限，虽然一时凭借智谋多次赢得战场的胜利，却无法巩固并扩张胜利，往往放弃新取之地；仅能据有北平、保定、永平三个郡。时间维持了两年多，直到建文三年冬，战局发生了重大变化。
