在这个过程中，朱元璋颁布了详细的整治贪官污吏的惩罚措施："为惜民命，犯官吏贪赃满六十两者，一律处死，决不宽贷"即，但凡贪污超过六十两白银者，一律死刑。
这条惩罚措施无论官职巨细，从六部到县级，一律适用，甚至对于部分元朝旧吏，农民起义军的将领，一样严惩不贷。淮南赈灾案中，这五位一品大员，正是在这样的条例下被下令斩首。
除此之外，朱元璋还在官员的选拔，考核，监察制度上花费了大量心思。除了传统的科举之外，朱元璋还设立了举荐的选拔方式。
在官员的考核上，作出了详细的审核标准，来决定任期满后官员的升降级并设立了严格的监察机构，即六科跟督查院，并交由他们实行对官员的惩罚制度。
