三、朱棣称帝后迁都北京，将南京城设为陪都
明成祖朱棣登基后，用杀戮暂时封住了人们的口。但他"倒行逆施、夺位篡权"的壮举，始终是上不了台面的。为此有不少人对朱棣所谓"清君侧"的评价和印象都不佳，就连朱棣自己有时也感到心虚，觉得自己这个皇帝当得有点"名不正、言不顺"。
再加上降臣景清欲刺杀朱棣，使得朱棣总认为有许多双眼睛在盯着自己，觉得南京对他来说是一个不祥之地。于是，朱棣在永乐十八年（公元1420年）九月，下诏改京师为北京，南京为陪都。即将北京作为国都，而南京作为陪都。一年后，朱棣迁都北京。
而朱棣此举实行的是"两都制"，他自己坐镇北京，在南京保留了吏、户、礼、兵、刑、工六部。同时继续设置都察院、通政司、五军都督府、翰林院、国子监等机构。从而他就能远在北方，而对南方进行强有力地遥控。事实上这也就成为了一个政府两套班子的结构。
正如丘濬说"用东南之财赋，统西北之戎马，无敌于天下"。其实，朱棣这样做的用意，那就是一旦北方有失，就可以退回南京城，据守南方，这也是他留给后人挽救危局的一条计策。可惜他的后人崇祯皇帝朱由检却没有使用，从而导致了大明灭亡。
