后来韦昌辉又奉命出京，到江西主持军务，屡建战功。当时，清军俘获了一些太平军，据他们供称，"韦正督军打仗，是他最勇。，常说他带一千人，就有一万官军也不怕"。1854年，在洪秀全的支持下，颁布了《天情道理书》，对韦昌辉的功绩进行了高度评价，其中写道：
"北王、翼王亦是富厚之家，后因认定天父、天兄，不惜家产，恭应帝命，同扶真主，或居后护，或职掌左军，剿灭妖氛，尽心竭力，百计图维，又不知若何辛勤矣！"虽然如此，但韦昌辉依然受到一个人的欺辱，他就是东王杨秀清！与此同时，杨秀清以天父的名义，不断斥责洪秀全，威胁到了天王的统治。
洪秀全对杨秀清的行为也十分不满，担心自己有朝一日会被取代。1856年8月，洪秀全颁布密诏，让在江西指挥作战的韦昌辉返回天京，诛杀杨秀清。9月1日深夜，韦昌辉率领三千军队返回天京，第二天凌晨对东王府发起了突袭，杀死了东王杨秀清以及党羽两万多人。
韦昌辉手下只有三千人，杨秀清党羽多达两万，如果没有洪秀全的支持、协助，韦昌辉根本无法实现这么大规模的屠杀。所以说天京变乱的幕后主谋应该是洪秀全，韦昌辉只不过是同谋罢了。石达开返京后，曾公开质疑韦昌辉，当时洪秀全并没有支持石达开，可见天王与韦昌辉的态度一致。
石达开逃出天京后，调集军队，准备向天京进军。面对大军压境的情况，天王洪秀全将北王韦昌辉作为替罪羊，用韦昌辉的首级，来平息石达开的愤怒。韦昌辉的下场很惨，天王洪秀全"尽杀其妻小"，韦昌辉在某个巷子躲了三天，结果还是被抓了起来。洪秀全下旨，"令肢解之，割其肉方二寸许，悬城中各栅"。
