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早在万历年间，河北真定府就爆发过所谓的"大头瘟"，根据康熙年间《武强县志》所载："万历十年春亢旱，瘟疫大作，人有肿脖者，三日即死，亲友不敢吊，吊遂传染。甚至有死绝其门者，远近大骇，号为大头瘟。"可见这种以"脖子肿大"，亦即淋巴结溃烂为症状的瘟疫，传染性和致死率是何等恐怖。
到了崇祯年间，大范围的疫灾首先爆发于山西。吕梁兴县的百姓为了躲避鼠疫而四处逃散，兴县十室九空，可这些带着鼠疫杆菌的百姓却渡过黄河，向西传染到陕西，向东则迅速波及华北，造成了北京人口的大批死亡："街坊间小儿为之绝影，有棺、无棺，九门计数已二十余万"，可见疫情之惨烈。到了李自成进京时，北京已然"人鬼错杂，日暮人不敢行。"
如此大规模的鼠疫对军队的影响也是显而易见的。据历史记载，当时驻守京师的军队有十万人，鼠疫过后，仅余五万余人。而这些幸存者又都是精神涣散、战斗力低下的残兵弱将。李闯军前来攻打时，守城将官甚至不得不低声下气求人守城，却仍是"逾五六日尚未集"，最终便出现了三四千宫中太监扛枪执刀登上城墙的滑稽场面。
客观上讲，京师的鼠疫帮了农民军的大忙，崇祯自缢，李自成也顺利开进了紫禁城。可没等他的屁股在龙椅上坐热乎，就匆匆忙忙离开了北京。外因上看，自然是吴三桂降清，山海关会战中大顺不敌辫子军，只得"战略性转移"；而内因上，一个重要缘由就是农民军中也有不少人感染了鼠疫，不赶紧撤走的话，恐怕会成为下一批殉葬品。
