明孝陵的地下宫殿是在一座坚硬的山上挖掘出来的。朱元璋要求工匠们水平挖掘这座山。这种挖掘方法极其困难，但它能最大限度地保证地下宫殿。例如，唐代的乾陵就是最好的例子。然而，地下宫殿坚如磐石。但入口处很难封严。一旦入口被盗墓者发现，地下宫殿将被洗劫一空。然而，在近600年的明清时期，盗墓贼从未找到地下宫殿的入口。
明孝陵附近的许多陪葬墓都被洗劫一空，明孝陵的地下宫殿完好无损，这与墓道的设计有很大关系。南京于1998年组织专家对明孝陵进行了探测，并采用了最先进的地球物理探测技术。经过一番探索，有了新的发现。明孝陵的入口不在明楼的中轴线上，而是向西侧弯曲。
没有先进的设备，几乎不可能找到明孝陵入口通道。而且，封土下面铺了一层厚厚的光滑鹅卵石和沙子。这是古代人用来防止墓地盗窃的一种方法。流沙被用来防盗。当盗墓者试图通过从墓地顶部挖一个洞进入墓室时，流沙和鹅卵石会立即掩埋被盗的洞。正是这一系列有效的防盗措施，加上历代对明陵的保护，使得明孝陵地下宫殿依然完好无损。
