然而锦衣卫最让人胆战心惊的莫过于他们所创造的各种刑罚，动不动上来就是给你上夹棍、剥皮、断骨、砸手指、刺心等酷刑，甭管你有事儿还是没事儿，只要进了锦衣卫就很难囫囵个的出来。锦衣卫因为只受皇帝的指派，而他们本身又是躲在暗处侦查，久而久之他们的心理也就变得愈加阴暗起来，所以他们的一些行为也是常人所难以理解的。之后锦衣卫的大头领也多有太监所担任，而他们本身就是刑余之人，对正常人都有一种莫名的恨意，一些官员也往往看不起他们，当这些官员落到他们手里之后，自然会玩了命的报复，所以后来的锦衣卫让人闻之胆寒。
然而正是因为锦衣卫是由皇帝直接管辖的，不管你是朝中的什么大臣，都无法对锦衣卫产生直接的干扰，但是只要你犯了过错，锦衣卫都有权力直接处理。也就是说锦衣卫是具有司法权的，可以直接跳过各种机构来进行办案，而这其中就又夹杂了贿赂等一系列非法的措施，就连大理寺都察院这些司法机关都没有权力过问锦衣卫的处理结果。鼎盛时期锦衣卫胡作非为，贪赃枉法，皇帝睁一只眼闭一只眼，他只想着保护自己的周全，没有人来谋害自己，但是这一切都造成了社会的混乱。其实东厂和锦衣卫的性质都是差不多的，都是皇上为了加强自己的统治而设立，最后却又难以掌控，导致的是民不聊生，这是明朝灭亡的间接原因，但也是重要的原因。
