孙思邈在研究医学的过程中不仅研究一些民间流传的药方偏方，也会将我国古代的医书圣典《黄帝内经》、《伤寒杂病论》、《神农百草经》中记载的草药拿出来对比研究。经过长时间的比较实践反复观察之后，孙思邈终于写下了他的两本著作《千金要方》与《千金翼方》，这两本书也都成为了后世中医学者研究的古典。
在唐太宗时期孙思邈再次受到了朝廷的召唤来到长安，唐太宗见到孙思邈的第一面就感叹到:"先生真乃神人也，70多岁的人还能有这么红润的气色，行走之间犹如少年一般朝气腾腾。"唐太宗相信奇人异象必有大能，所以对孙思邈非常尊敬，相传长孙皇后怀胎十月无法生产还是请孙思邈前来诊治的。
长孙皇后贵为一国之母，儒家礼教又认为男女授受不亲，于是孙思邈便首次采用了悬丝诊脉的方式为长孙皇后看病。孙思邈不久之后就找出了症结所在，仅仅行针一次长孙皇后就出现了生产迹象。从此唐太宗对孙思邈恭敬有加，即便是孙思邈辞官归隐五台山之后，唐太宗也前去五台山拜访过孙思邈。现在的五台山上还有唐太宗御道、拜真台以及刻有唐太宗赐词的古碑。
