在社会上游荡了4年之后，石友三再一次参军入伍。这一次，他成了冯玉祥的部下，给冯玉祥当马夫。石友三能够先后投靠多个势力并且获得信任，就足以看得出他是一个擅长溜须拍马的人。在冯玉祥身边，石友三也算是得到了重用。1924年，作为冯玉祥心腹的石友三成了十三太保之一。石友三在冯玉祥身边干了十几年也不是不做事的。1928年，樊钟秀偷袭了冯玉祥。他的部队在撤退的途中将司令部设置在了少林寺。
而冯玉祥部下负责追击樊钟秀就是石友三。在追击的过程中，少林寺的僧人站出来，帮助樊钟秀阻挡石友三。在我们现在看来，尽管少林僧人的功夫不弱，但是面对火枪火炮，血肉之躯也是扛不住的。在石友三的攻击下，少林寺的僧人溃败。石友三进到少林寺之后一把火烧了法堂。不仅如此，第2天，冯玉祥部下的一个旅长又把少林寺大雄殿等几座大殿付之一炬。这对少林寺来说是一个非常大的损失。
1940年，处于当时形势之下的石友三有着投靠日本人的迹象。同时他还命令自己的部队攻击八路军。在冯玉祥的部下中，有一个人叫做高树勋。他对石友三的做法早已不满了。12月1日，高树勋找了一个理由让石友三到会议室开会，然后让卫兵把石友三绑了起来，连夜送到黄河边活埋，石友三最终因此丧命。
