1900年7月9日，在巡抚衙门西辕门前，毓贤杀死天主教方济各会传教士12人（意大利籍艾士杰和富格辣2位主教，3位神父、修士，7名修女），新教传教士及其家属子女34人（属于英国浸礼会和寿阳宣教会，其中儿童11人），共计46人，这便是"太原教案"
毓贤亲手杀死天主教山西北境教区正主教艾士杰。山西全省共杀传教士191人、中国教民及其家属子女1万多人，焚毁教堂、医院225所，烧拆房屋两万余间，是各省中死人最多的一个省。
也因此，山西后来受到列强极为严厉的对待，八国联军攻占北京时，毓贤被指为排外仇教的"罪首"，革职充军新疆。1901年，在兰州被处死。
但是，大家知道，义和拳是发源于山东的，山东怎么没事呢？这是因为义和团兴起于山东后，历任山东巡抚李秉衡、张汝梅和毓贤在不同程度上同情义和团，并直接或间接地支持拳民，其中毓贤态度尤为明显，甚至煽动民众闹事袭扰洋人，引起列强的不满。1899年12月5日，美国公使康格径向总理衙门提出，要求撤换毓贤，以平息山东民教纠纷，美国公使称："假如没有足够武力的话，可把天津操练得很好的军队调去协助"，不点名的推荐袁世凯代替毓贤。此意见亦符合慈禧太后及荣禄罢免毓贤（于是他到了山西），任命袁世凯的想法。
袁世凯知道当时和列强对着干不是什么好主意，就加入了东南互保，严厉镇压义和团。
