关于同治帝的死因，清宫档案讳莫如深，但在民众中主要流传着死于梅毒和天花两种说法。
关于梅毒的就说是，同治成年后，毫无实权的他处处不如意，娶了媳妇后情场也不得意，为此，同治帝开始自甘坠落，放纵起来，流连青楼女子，经常光顾花街柳巷，最后终于得了花柳病，年仅19岁就一命呜呼了。
当然，同治帝得梅毒的说法，一般多见于野史，比如有一个出了名的清宫野史《清代野记》，就说同治帝得的是梅毒，这部野史说：久之毒发，始犹不觉，继而见于面盎于背，传太医院治之。太医院一见大惊，知为淫毒，而不敢言，反请命慈禧是何病症。慈禧传旨曰："恐天花耳。"遂以治痘药治之，不效。帝躁怒，骂曰："我非患天花，何得以天花治！"太医奏曰："太后命也。"帝乃不言，恨恨而已。将死之前数日，下部溃烂，臭不可闻，至洞见腰贤而死。
