当时贾尼别克汗和克列汗反对阿布海尔汗的强权，借瓦剌进攻之机，从乌兹别克汗国分裂了出去。但他们想不到的是他们以后会被瓦剌里面的准噶尔汗国打的濒临灭绝。自17世纪中叶，准噶尔人便开始抢掠哈萨克人的牲畜，1698年准噶尔对巴尔喀什湖一带抢掠，让哈萨克人失去了伊犁河盆地。1718年，哈萨克的头克汗率领诸帐联军在巴尔喀什湖以北的阿亚古兹河抵抗了准噶尔三天，但最终还是失败了，随着哈萨克人的失败，准噶尔又在塔什干以北击败了哈萨克中帐军。这一时期的哈萨克汗国面临着各条战线的全面战败，在其历史上被称之为"大危难"时期。
1718年头克汗死后，哈萨克汗国诸帐再次分崩离析，大帐和中帐臣服于准噶尔汗国，到十八世纪时哈萨克人一直在准噶尔，俄罗斯和清帝国之间之间艰难的维持着独立。而小帐在1730年直接臣服于俄国沙皇。随着小帐的臣服，哈萨克人面对准噶尔的威胁也都逐渐向俄罗斯请求庇护以抵抗准噶尔，尽管清帝国在1758年灭亡了准噶尔汗国，但俄罗斯已经完全控制了哈萨克汗国，到1822年时哈萨克人已经无法再自主选汗了，成吉思汗系的汗都被当作 "客人"软禁在俄罗斯的城市中，自此哈萨克汗国再无东山再起的机会。到1846年，哈萨克成为了俄罗斯帝国的一部分，1991年苏联解体后，变为哈萨克斯坦。
哈萨克汗国从苏联里独立成为哈萨克斯坦后对追溯自身的历史显得兴趣缺缺，直到2014年俄罗斯总统普京夸赞哈萨克斯坦总统纳扎尔巴耶夫"在从来不曾有过国家的土地上，首次建立了国家"，这话挑动了哈萨克人敏感的神经，第二年也就是2015年哈萨克斯坦就举行了纪念哈萨克汗国550周年活动，表示自身历史继承哈萨克汗国。
