等到朱棣当上皇帝，徐氏发挥的作用就更明显了。对于很多的军国大事，朱棣都要听取皇后的建议。然而她只当了5年皇后就一病不起，为了能够医好皇后的病，朱棣还亲自捧起了医书。在徐皇后离世后，朱棣为她所举办的葬礼之隆重，在明清两朝无人能出其右。
除去3个女儿以外，徐达还有4个儿子，虽然他们的政见不同，但朱棣也不敢把他们怎样。徐辉祖是他的大舅子，却支持的是建文帝，然而看在皇后的面子上，朱棣也只能把他幽禁起来了事。小舅子徐增寿虽然支持的是朱棣，但在此前已经被建文帝给杀了，为此朱棣只好把他的后人追封为国公。有明一代，享有一门两国公待遇的，也就只有徐家了。
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