之后，大顺军将崇祯帝与周皇后的尸棺移出宫禁，在东华门示众，"诸臣哭拜者三十人，拜而不哭者六十人，余皆睥睨过之。"梓宫暂厝在紫禁城北面的河边，当地平民又将他合葬在田贵妃墓中。清军入关后，将他移葬思陵。也因此，现代人在讨论崇祯结局时，大多沿用了这一说法。
然而，一些史学家却对此持有不同观点。例如，俞平伯先生认为，崇祯死在了管园人的屋子里，且死前留下了一份感人至深的血书，要求李自成不要伤害京城里无辜的百姓；黄云眉先生则认为，朱由检的确是吊死的，可他并没有死在煤山上，而是北海公园里。
"巍巍万岁山，密密接烟树；
中有望帝魂，悲啼不知处。"
清人如猫哭耗子一般的悼诗，给我们留下了两大疑团。
