其次，方孝孺并非一味执行和服从，方孝孺也有软弱的一面，清君侧战争开始以后，不止两次提议朱允炆缓兵或者求和。派遣朱棣亲属劝和，准备赦免燕王的罪行等等，都是出自方孝孺的策划。且不说效果如何，他也是力排过齐泰、黄子澄众意的人，也是有过与建文帝意见相左的建议。
方孝孺在传统教育里是爱国标杆，文人死为节，明太祖朱元璋传位给的是建文帝，而不是朱老四，在方孝孺眼中，建文帝是正统，朱棣是造反，方孝孺是在朝廷(这个朝廷可不是一个腐烂的政府，而是一个博采众议，广开言路的朝廷。）被推翻的时候选择抵抗到底，而不是明哲保身。这不是尽忠报国，这不是中华民族的脊梁？正是像方孝孺这样一波又一波的''愚忠''的人，撑起了我们民族的脊梁。
如果方孝孺是愚忠，那文天祥，岳飞。都是愚忠了，外敌入侵，明哲保身固然容易，奋起反抗才难能可贵，这些人都是因为''愚忠''才选择了奋起抵抗。撑起了民族的脊梁。
方孝孺死后二十多年，明成祖朱棣的儿子明仁宗朱高炽，首先为方孝孺平反昭雪，他喻礼部：''建文诸臣，已蒙显戮。家属籍在官者，悉宥为民，还其田土。其外亲戍边者，留一人戍所，余放还。'' 赦免了建文帝旧臣和永乐时遭连坐流放边境的官员家属，并允许他们返回原处。
