方孝儒却把笔扔在一边，并一边哭泣一边骂道:''要杀便杀，诏书绝不可草!缘信羞成怒说:''想死吗?偏不让你马上就死掉，道你不怕被诛灭九族吗?''
方孝儒大义凛然地回答道:''即使被诛灭十族，你也对我无可奈何''。说完便拿起笔写了四个大字''燕贼篡位''登基前的朱棣原为燕王,''燕贼''当然也就是在骂他了。朱棣听完之后是怒火中烧，便叫了一声，令左右动刑伺候，只见现场是惨不忍睹，血肉横飞。
朱棣还仍旧不解恨，便把方孝儒的亲属，朋友以及门生作为十族，都一起抓来，让方孝儒一一见过，但方孝儒始终不肯低头，是准备顽强到底。朱棣确实很无奈，便将其牵出聚宝门外，处以极刑。
方孝儒的妻子郑氏及两个儿子都自缢而死，他的两个还不满十五岁的女儿在被抓的途中也投河自尽。
