此时的宋理宗早已没有了当年的雄心壮志，再次沉湎于醉生梦死的荒淫生活中，朝政被丁大全、贾似道等奸臣把控，南宋国势急剧衰落。鄂州之战，贾似道更是以他的名义向蒙古称臣，将长江以北的土地全部割让。他死后没多少年，南宋就正式灭亡了。元朝建立后，封西藏佛教僧人杨琏真迦为元朝江南释教都总统，掌管江南佛教。结果这杨琏真迦却是个贪财之辈，在宰相桑哥的支持下，遍挖南宋皇陵盗取珍宝。
在挖到宋理宗的陵墓时，宋理宗的尸骨因为被水银泡过，所以还未腐烂。杨琏真迦便命人将他的尸骨倒挂在树上沥取水银。为了讨好蒙古统治者，杨琏真迦还将宋理宗的头颅割下，制成饮器，送入元大都，躯干则被烧毁。直到后来朱元璋推翻元朝，在元大都找到他的头颅，才重新将他安葬。他的这份遭遇，可比宋徽宗还惨!
