旗帜是国家、王室的精神象征和标志，在彻底臣服于中国后，清朝如同对待当时许多藩国一样，正式为不丹设计了王室旗帜的样式。《清史稿》中记载："时，上（雍正皇帝）亲敕第巴旗，示尊重，敕其形制如'黄龙旗'。"这里提到的黄龙旗，就是清朝国旗。其中，以清朝正黄旗之黄色为旗帜底色，旗帜正中有一腾龙，龙有四爪，每爪五指，形如腾云驾雾，龙须衔日。而雍正皇帝命人敕封给不丹王室的旗帜中，除了龙的极个别细节与黄龙旗不同外，其余皆与黄龙旗相同。十九世纪中期，西方国家大规模入侵东亚，不丹自然没有幸免。第一个入侵不丹的欧洲国家是英国，由于当时清朝正和英国处在鸦片战争期间，因此无暇顾及这个西南边陲的小兄弟。不丹遭到了英国血洗，英国与不丹签订了一系列不平等条约，不丹历史上几百年积累起来的劳动资料和劳动成果，被英国几个月之内就洗劫一空。
当然，英国也没有放弃更改不丹王室的精神象征，旗帜。当时的英国侵略者，强行将不丹的国旗进行了更改。将黄龙旗中的龙的朝向，由原先的朝向正西，改为朝向正东。将原先正黄旗的底色，改为一半正黄旗，一半英国日不落国旗中的日出红色，同时，将原先国旗中的红日去掉。后来，国际反殖民战争的胜利，迫使英国退出了不丹，由于不丹皇室一直没有受到太大冲击，同时由于不丹和中国在历史上的渊源，因此虽然至今清朝已经灭亡整整107年了，不丹依然保留着当年清朝的许多重要传统，比如国旗，以及国王在重要典礼时身穿的清朝长袍，还有国王的登基制度。
