看到噶尔丹狮子大开口，康熙大怒，想要亲征，结果因患疟疾不得已返回北京。同年9月，战事发生逆转，在乌兰布通之战中，清军惨胜，连国舅、都统佟国纲也被准噶尔军用沙俄的滑膛枪击毙。而噶尔丹也仅率数百人逃回科布多。
1696年，准噶尔与沙俄的军火贸易已经被康熙断绝，其内部也发生了内讧，实力大不如前。康熙率军10万与噶尔丹在昭莫多决战，结果，噶尔丹妻子战死，儿子被俘。第二年，走投无路的噶尔丹也服毒而死。
当噶尔丹的骸骨被清军得到以后，康熙命令"置京城外，悬挂示众"，以消心头之恨。
这个曾经让康熙为了消灭他，不得不与俄国人妥协的噶尔丹，终于死了。然而，大清与准噶尔之间的争斗远远没有结束。直到1757乾隆朝，准噶尔才在康雍乾三代皇帝的努力下，才最终被大清所灭。
