洪宣娇因为靠"天父之女"成为了上帝会的核心人物，且在女会众中影响极大。后来，很可能向杨秀清一样多次利用这种方式巩固地位，展示权威，这让洪秀全心有余悸。再加上洪宣娇知道洪秀全太多上帝的"秘密"，洪秀全早就想杀之灭口。后来，借天京事变之机，利用韦昌辉之手，将洪宣娇处死了。
当然，根据目前的研究，洪宣娇死于天京事变的可能性不大，因为萧有和、萧有福都没有在事变中被杀，幼西王后来还深受洪秀全的信任。
第三种说法：死于天京沦陷时。
传说，曾国藩的湘军在1864年攻南京城时，洪宣娇被生擒了，后被凌迟处死。因为清廷没有受审记录，因此，这一说法真实性显然不大。同时，有野史记载，南京城沦陷后，洪宣娇率领女兵战斗到最后一刻，最后她和手下的数十位女兵不甘于生擒后受辱，自刎而死。
