那么问题来了，皇帝让总督去节制提督，并给予了总督这么大的权力，难道不怕总督造反吗？谁来节制总督的权力呢？
其实，这个问题清朝统治者其实早就考虑好了。从军队方面来说，皇帝给予总督调兵权，并拥有节制提督和总兵（正二品，仅次于总督的地方武官）的权力，但却不能节制中下层军官。而提督虽然受总督节制，但他却可以节制总兵以下的各级军官。此外，总督、提督都有调兵权，但没有统兵权。中下层军官可以统领自己管辖内的部队，但却没有调兵权。这样就形成了一套相互制约的军队管理体系。
从经济方面来说，总督虽然有兼理粮饷的权力，但这主要是管理者的身份，并非拥有者。从各地收到的粮饷最终还是要上缴到国库中。而士兵的粮饷发放，也都是归中央兵部管理，士兵们吃的是皇粮，效忠的自然就是皇上。
不过这种看似完美的权力制衡策略在清朝后期就不管用了。在太平天国起义爆发后，大清王朝面临了前所未有的生存压力。为了应对危机，清朝统治者不得不决定将权力下放，让总督真正做到了一手包办地方军政、经济大权。后来太平天国起义被成功镇压后，朝廷从地方督抚（总督、巡抚的合称）手中收回了不少权力，但原先那种相互制约的制度已经遭到了彻底破坏。
到了晚清时期，许多地方督抚甚至敢公然违抗朝廷的命令，比如八国联军侵华期间，两江总督刘坤一、湖广总督张之洞、两广总督李鸿章、闽浙总督许应骙、四川总督奎俊、山东巡抚袁世凯、铁路大臣盛宣怀等人，联名与八国联军签订了"东南互保"协议，拒绝承认清朝统治者慈禧太后的宣战决定，从而保全了东南半壁江山免收战火的荼毒。
