隆武帝朱聿键在福建被叛徒杀害后，朱由榔作为明神宗朱翊钧当时存世的最年长直系男性后裔，受到两广总督丁魁楚、广西巡抚瞿式耜等支持成为监国，成为新一代南明皇帝。
之后的几年里，永历帝在西南与岭南各地来回奔波逃命，直到永历九年（1655年），永历帝朱由榔才被李定国护送到昆明安居，过了几年安稳的日子，但是此时的南明，大势已去，整个南明政权包括永历帝只能在西南地区苟延残喘。
永历十二年（1658年），清军开始向云贵地区进行进攻，次年，永历帝在李定国和白文选的保护下逃往缅甸，被当时的缅甸王莽达收留，虽然明朝曾经是缅甸的宗主之君，可人在屋檐下不得不低头，当时的永历帝朱由榔极不受缅甸王待见。
同一时期，清朝已经基本统一天下，各地原本还声势浩大的反清群体，纷纷倒在清军的屠刀下，扬州十日、嘉定三屠只是清军屠杀的一个缩影而已，整个天下近80%的人口被损失，虽然不全是被清军屠杀，但其中最大的责任就是清军。
