可是福建那边的官员们也不甘落后，他们选了一个宗室做了皇帝，这个皇帝在历史上被称为隆武帝，值得一提的是，郑成功当时效忠的就是隆武皇帝。这就有点麻烦了，北边的地盘还没有抢回来，南边就出了两个领袖，一座山上不能有两只老虎，一个国家怎么可以有两个领导人呢？于是这两方面就打了起来。
后来清军南下，朱以海的地盘在浙江一带，自然率先被打败了。鲁王也不是什么硬骨头，他直接跑到了舟山群岛，他以为清军都是骑兵，所以自己躲在海岛上应该是安全的了，然而事情并不像他料想的那样——为了抓住他，骑兵们竟然都坐上了船，鲁王没有防备，所以他们顺利地登陆了。
没有办法，为了活命朱以海只能继续往南边跑了，最后他投奔到了郑成功的地盘上。郑大将军自然是很不喜欢他的，毕竟当年他拥戴的是隆武帝，而这位皇帝与这位鲁王可是竞争者的关系，可是朱以海到底还是皇室成员，郑成功只能掐着鼻子把他给安排到了金门。
后来朱以海便去世了，据相关史料记载，朱以海是被郑成功所杀，并将其沉入了海中，可是后来当地农民炸山石的时候，偶然发现了一处古墓，经专家研究，这处墓地就是鲁王朱以海的长眠之处，而且里面还有不少精美的陪葬品。既然是郑成功杀的鲁王，怎么还可能大费周章给他放精美的陪葬品呢？从这里我们不难推断，郑成功应该是无辜的，而之所以有这样的传言，就只有一个解释，那就是清朝在故意扭曲明朝的历史，以便于更好地统治汉族。
